Quy trình thủ tục xuất khẩu thuỷ hải sản theo quy định mới

Quy trình thủ tục xuất khẩu thủy hải sản của Việt Nam đang bước vào giai đoạn quyết liệt nhất trong nỗ lực gỡ “thẻ vàng” IUU của Liên minh châu Âu, khi Chính phủ vừa ban hành Kế hoạch hành động theo Quyết định 1516/QĐ-TTg (10/8/2026) nhằm khắc phục triệt để các khuyến nghị của Ủy ban châu Âu sau đợt thanh tra lần thứ 5, với mục tiêu quyết tâm gỡ cảnh báo ngay trong năm 2026. Đây là thời điểm doanh nghiệp thủy sản cần đặc biệt lưu ý, bởi toàn bộ quy trình cấp giấy xác nhận nguyên liệu và chứng nhận nguồn gốc thủy sản khai thác hiện đã chuyển hoàn toàn sang hệ thống điện tử eCDT.

Là ngành hàng xuất khẩu chủ lực với đa dạng sản phẩm từ tôm, cá tra, cá ngừ, mực, bạch tuộc đến các loại nhuyễn thể, thủ tục xuất khẩu thủy hải sản đòi hỏi doanh nghiệp phân biệt rõ giữa thủy sản nuôi trồng và thủy sản khai thác biển tự nhiên, bởi hai nhóm này có yêu cầu hồ sơ hoàn toàn khác nhau. Bài viết dưới đây tổng hợp toàn bộ căn cứ pháp lý, mã HS, quy trình, chi phí và rủi ro thường gặp trong thủ tục xuất khẩu thủy hải sản, cập nhật theo quy định hiện hành đến tháng 9/2026.

1. Tiềm năng và các thị trường xuất khẩu thủy hải sản chính

Việt Nam là một trong những quốc gia xuất khẩu thủy sản hàng đầu thế giới, với vùng nuôi trồng tập trung tại Đồng bằng sông Cửu Long (tôm, cá tra) và các đội tàu khai thác dọc bờ biển miền Trung, Nam Bộ (cá ngừ, mực, bạch tuộc). Mỹ, EU, Nhật Bản, Hàn Quốc và Trung Quốc tiếp tục là những thị trường chủ lực trong thủ tục xuất khẩu thủy hải sản nhiều năm qua.

Mỗi thị trường có mức độ kiểm soát khác nhau: EU duy trì cảnh báo “thẻ vàng” IUU với Việt Nam từ năm 2017 đến nay và yêu cầu truy xuất nguồn gốc rất chặt chẽ với hàng khai thác biển; Mỹ áp dụng quy định tương đương theo Đạo luật Bảo vệ Động vật có vú ở biển (MMPA), hiện chỉ chấp nhận 11 mã nghề khai thác kèm chứng nhận COA; Trung Quốc, Nhật Bản, Hàn Quốc chú trọng nhiều hơn đến an toàn thực phẩm và đăng ký doanh nghiệp chế biến.

2. Căn cứ pháp lý điều chỉnh thủ tục xuất khẩu thủy hải sản

Điểm mới cần lưu ý: Từ năm 2026, 100% hồ sơ cấp giấy xác nhận nguyên liệu và chứng nhận nguồn gốc thủy sản khai thác phục vụ xuất khẩu sang thị trường có yêu cầu đều phải xử lý trên hệ thống eCDT; tàu cá không có dữ liệu hành trình hợp lệ trên hệ thống này sẽ không được cấp giấy xác nhận nguyên liệu. Doanh nghiệp thu mua nguyên liệu khai thác biển cần đặc biệt lưu ý điều kiện này khi làm việc với các đội tàu cung cấp nguyên liệu.

3. Điều kiện đối với doanh nghiệp và cơ sở chế biến

4. Mã HS và thuế xuất khẩu thủy hải sản

Thủy hải sản chủ yếu thuộc Chương 03 – “Cá và động vật giáp xác, động vật thân mềm và động vật thủy sinh không xương sống khác” đối với sản phẩm tươi/đông lạnh, và Chương 16 – “Chế phẩm từ thịt, cá…” đối với sản phẩm đã qua chế biến sâu. Xác định đúng mã HS theo loài và mức độ chế biến là bước quan trọng trong thủ tục xuất khẩu thủy hải sản.

Lưu ý thực tế: Thuế xuất khẩu thủy hải sản tại Việt Nam hiện là 0% với hầu hết các mã HS. Doanh nghiệp cần lưu ý một số mặt hàng khai thác bằng lưới rê, lưới kéo, lưới vây (cá ngừ các loại, cá kiếm, cá mú, cá thu, ghẹ, mực, cá đối) hiện chưa được xuất khẩu vào Mỹ do nghề khai thác chưa được công nhận tương đương theo MMPA, chỉ 11 mã nghề khai thác được chấp nhận và phải kèm chứng nhận COA.

5. Yêu cầu riêng theo từng thị trường xuất khẩu

6. Bộ hồ sơ chứng từ trong thủ tục xuất khẩu thủy hải sản

7. Quy trình thủ tục xuất khẩu thủy hải sản

Bước 1: Xác định nguồn gốc nguyên liệu (nuôi trồng hay khai thác biển)

Doanh nghiệp phân loại rõ nguyên liệu đầu vào là thủy sản nuôi trồng hay khai thác biển tự nhiên – đây là bước nền tảng đầu tiên trong thủ tục xuất khẩu thủy hải sản, quyết định toàn bộ hồ sơ pháp lý cần chuẩn bị sau đó.

Bước 2: Đăng ký giấy xác nhận nguyên liệu qua eCDT (với hàng khai thác biển)

Với nguyên liệu khai thác biển, doanh nghiệp đăng ký cấp giấy xác nhận nguyên liệu và chứng nhận nguồn gốc trên hệ thống eCDT theo Thông tư 81/2025/TT-BNNMT, đảm bảo tàu cung cấp nguyên liệu có đầy đủ dữ liệu hành trình hợp lệ.

Bước 3: Sản xuất, cấp đông và kiểm soát chất lượng

Nguyên liệu được sơ chế, phân cỡ, cấp đông theo tiêu chuẩn HACCP và đóng gói theo quy cách đã thống nhất với nhà nhập khẩu.

Bước 4: Lấy mẫu kiểm nghiệm và xin cấp Health Certificate

Doanh nghiệp đăng ký kiểm tra tại NAFIQAD/NAFIQUAST để kiểm tra các chỉ tiêu vi sinh, kháng sinh cấm; sau khi mẫu đạt yêu cầu, cơ quan chức năng cấp Health Certificate cho lô hàng.

Bước 5: Đăng ký chứng nhận bổ sung theo thị trường đích (COA, mã GACC…)

Với thị trường Mỹ, doanh nghiệp xin chứng nhận COA nếu nguyên liệu thuộc mã nghề đã công nhận tương đương; với thị trường Trung Quốc, đối chiếu mã số doanh nghiệp đã đăng ký theo Nghị định 280 của GACC.

Bước 6: Hoàn thiện bộ chứng từ và khai báo hải quan xuất khẩu

Doanh nghiệp hoặc đơn vị forwarder chuẩn bị Invoice, Packing List, khai tờ khai hải quan điện tử trên hệ thống VNACCS/VCIS, đính kèm Health Certificate, giấy xác nhận nguyên liệu (nếu có) và C/O phù hợp với FTA của thị trường đến.

Bước 7: Vận chuyển quốc tế và thông quan nhập khẩu tại nước đến

Sau khi tờ khai được thông quan, hàng được giao cho hãng vận chuyển bằng container lạnh hoặc đường hàng không. Nhà nhập khẩu phối hợp với cơ quan hải quan, FDA hoặc GACC tại nước đến để hoàn tất thủ tục nhập khẩu.

8. Rủi ro thường gặp trong thủ tục xuất khẩu thuỷ hải sản

FAQ – Câu hỏi thường gặp trong thủ tục xuất khẩu thuỷ hải sản

Câu hỏi 1: Thủy sản nuôi trồng có cần giấy xác nhận nguyên liệu khai thác không?

Không. Giấy xác nhận nguyên liệu và chứng nhận nguồn gốc theo hệ thống eCDT chỉ áp dụng với thủy sản khai thác biển tự nhiên; thủy sản nuôi trồng như tôm, cá tra cần truy xuất nguồn gốc theo mã số vùng nuôi thay vì chứng nhận khai thác.

Câu hỏi 2: Vì sao Việt Nam vẫn đang bị “thẻ vàng” IUU?

Việt Nam bị EU cảnh báo “thẻ vàng” IUU từ năm 2017 do các tồn tại trong quản lý tàu cá và truy xuất nguồn gốc khai thác; Chính phủ vừa ban hành Kế hoạch hành động theo Quyết định 1516/QĐ-TTg với mục tiêu quyết tâm gỡ cảnh báo này trong năm 2026.

Câu hỏi 3: Thuế xuất khẩu thủy hải sản tại Việt Nam hiện nay là bao nhiêu?

Thủy hải sản các loại (thuộc Chương 03 và Chương 16) được hưởng mức thuế xuất khẩu 0% tại Việt Nam với hầu hết các mã HS phổ biến.

Câu hỏi 4: Chứng nhận COA khi xuất khẩu thủy hải sản sang Mỹ là gì?

COA (Certificate of Acceptability) là chứng nhận bắt buộc theo Đạo luật Bảo vệ Động vật có vú ở biển (MMPA) của Mỹ, xác nhận thủy sản khai thác biển sử dụng một trong 11 mã nghề đã được công nhận tương đương, giảm tác động đến động vật có vú biển trong quá trình đánh bắt.

3W Logistics hỗ trợ thủ tục xuất khẩu thủy hải sản như thế nào?

Là công ty giao nhận vận tải có đăng ký OTI-NVOCC với FMC bond (Federal Maritime Commission) tại Mỹ, sở hữu SCAC Code để tự khai báo AMS/ISF trực tiếp, cùng kinh nghiệm xử lý hàng thủy sản đông lạnh xuất khẩu đi đa dạng thị trường, 3W Logistics cung cấp dịch vụ trọn gói cho doanh nghiệp về thủ tục xuất khẩu thủy hải sản – từ tư vấn hồ sơ nguồn gốc, phối hợp kiểm nghiệm đến khi hàng thông quan tại nước nhập khẩu.

• Tư vấn phân loại nguyên liệu và hồ sơ tương ứng: Hướng dẫn doanh nghiệp phân biệt thủy sản nuôi trồng và khai thác biển, cập nhật yêu cầu eCDT, COA theo từng thị trường.
• Hỗ trợ kết nối xin Health Certificate và chứng nhận nguồn gốc: Phối hợp với NAFIQAD/NAFIQUAST và Chi cục Thủy sản để lô hàng được kiểm nghiệm, cấp chứng nhận đúng thời hạn.
• Cập nhật biến động chính sách IUU, MMPA và GACC: Theo dõi sát tiến độ gỡ “thẻ vàng” của EU, quy định MMPA của Mỹ và Nghị định 280 của Trung Quốc để hỗ trợ doanh nghiệp chủ động phương án xuất khẩu.
• Book tàu và vận chuyển container lạnh: Sắp xếp vận chuyển đường biển bằng container lạnh hoặc đường hàng không tùy thị trường, duy trì nhiệt độ ổn định cho thủy hải sản suốt hành trình.
• Khai báo hải quan điện tử (VNACCS) và thủ tục nhập khẩu tại nước đến: Đội ngũ chuyên nghiệp xử lý tờ khai xuất khẩu; với tư cách OTI-NVOCC có FMC và SCAC Code, 3W Logistics tự phát hành House Bill of Lading (HBL) và tự file AMS/ISF trực tiếp cho các lô hàng đi Mỹ.

Vì sao nên chọn 3W Logistics cho tuyến xuất khẩu thủy hải sản: Khác với nhiều đơn vị forwarder trung gian phải qua đại lý thứ ba, 3W Logistics là OTI-NVOCC có bond và chứng nhận FMC trực tiếp tại Mỹ, sở hữu SCAC Code cho phép tự file AMS/ISF – giúp rút ngắn thời gian xử lý chứng từ và giảm rủi ro chậm trễ, đặc biệt quan trọng với hàng thủy sản có yêu cầu thời gian nghiêm ngặt. Với hệ thống văn phòng tại TP.HCM, Hà Nội và Hải Phòng cùng đội ngũ luôn cập nhật sát các thay đổi chính sách IUU, MMPA và GACC, 3W Logistics là lựa chọn phù hợp cho doanh nghiệp muốn đảm bảo lô hàng thông quan đúng hạn, đúng chuẩn ngay từ lần xuất khẩu đầu tiên. – Ms. Apple, CCO 3W Logistics

Trụ sở chính – 3W Logistics CN Hồ Chí Minh
Địa chỉ: 34 Bạch Đằng, phường Tân Sơn Hòa, TP.HCM
Hotline: +84 28 3535 0087
____________________________
3W Logistics CN Hà Nội
Địa chỉ: 81A Trần Quốc Toản, phường Cửa Nam, Hà Nội
Hotline: +84 24 3202 0482
____________________________
3W Logistics CN Hải Phòng
Địa chỉ: 8A Lô 28 Lê Hồng Phong, phường Gia Viên, Hải Phòng
Hotline: +84 225 355 5939
____________________________
3W LOGISTICS CO., LTD – We here serve you there!
Email: quote@3w-logistics.com
Website: www.3w-logistics.com

Ms. Apple (CCO)

Ms. Apple là CCO (Giám đốc Kinh doanh) tại 3W Logistics, có hơn 10 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực sales và điều hành hoạt động kinh doanh.

Tại 3W Logistics, Ms. Apple phụ trách định hướng chiến lược kinh doanh, phát triển khách hàng doanh nghiệp, quản lý đội ngũ hơn 50 nhân viên sales và tối ưu hiệu quả hoạt động kinh doanh trong lĩnh vực logistics.

Với kinh nghiệm thực tế trong quản lý sales và phát triển thị trường, Ms. Apple thường chia sẻ các góc nhìn chuyên môn về giải pháp logistics cho doanh nghiệp, vận tải quốc tế, freight forwarding, quản lý khách hàng, phát triển tuyến dịch vụ và chiến lược tăng trưởng trong ngành logistics.