Quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu là thủ tục bắt buộc đối với hầu hết nông sản, lâm sản có nguồn gốc thực vật khi xuất khẩu ra nước ngoài, nhằm chứng minh lô hàng không mang theo sinh vật gây hại, đáp ứng yêu cầu kiểm dịch của nước nhập khẩu. Đây là bước không thể thiếu trong bộ hồ sơ xuất khẩu gạo, cà phê, hồ tiêu, hạt điều, rau củ quả tươi, gỗ tròn, gỗ xẻ, mây tre đan cũng như hạt giống, cây con.

Dù văn bản pháp lý gốc đã ban hành từ năm 2014, nhưng quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu hiện nay đã được điều chỉnh, số hóa qua nhiều lần sửa đổi để rút ngắn thời gian xử lý và tăng tính minh bạch. Bài viết dưới đây tổng hợp toàn bộ căn cứ pháp lý, hồ sơ, các bước thực hiện, chi phí và lưu ý quan trọng trong quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu, cập nhật theo quy định hiện hành đến tháng 9/2026.

Table of Contents

1. Kiểm dịch thực vật xuất khẩu là gì và khi nào cần thực hiện

Kiểm dịch thực vật xuất khẩu là hoạt động kiểm tra, giám sát nhằm phát hiện, ngăn chặn sự lây lan của sinh vật gây hại (côn trùng, nấm bệnh, cỏ dại) từ Việt Nam sang nước nhập khẩu thông qua hàng hóa có nguồn gốc thực vật. Không phải mọi mặt hàng đều cần làm quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu, mà chỉ áp dụng với “vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật” theo danh mục do cơ quan chuyên ngành ban hành.

Mẫu giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật

Nhóm hàng hóa phổ biến cần thực hiện gồm: nông sản (gạo, chè, cà phê, hồ tiêu, hạt điều, rau củ quả tươi hoặc sấy khô), lâm sản (gỗ tròn, gỗ xẻ, mây tre đan, dăm gỗ), và giống cây trồng (hạt giống, cây con, củ giống). Ngoài ra, dù nước nhập khẩu không yêu cầu bắt buộc, nhiều doanh nghiệp vẫn chủ động xin Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật để tăng độ tin cậy với đối tác.

2. Căn cứ pháp lý điều chỉnh quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu

Văn bản pháp luậtNội dung điều chỉnh
Luật Bảo vệ và Kiểm dịch thực vật 2013 (số 41/2013/QH13)Quy định nguyên tắc, điều kiện, trách nhiệm cấp chứng nhận kiểm dịch cho sản phẩm xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh
Thông tư 33/2014/TT-BNNPTNT (30/10/2014)Văn bản gốc quy định trình tự, thủ tục kiểm dịch thực vật nhập khẩu, xuất khẩu, quá cảnh và sau nhập khẩu
Thông tư 30/2017/TT-BNNPTNT, Thông tư 15/2018/TT-BNNPTNT, Thông tư 15/2021/TT-BNNPTNTSửa đổi, bổ sung Thông tư 33/2014, bãi bỏ một số thủ tục hành chính, điều chỉnh hồ sơ tại Điều 7
Văn bản hợp nhất 06/VBHN-BNNPTNT (10/3/2023)Hợp nhất toàn bộ nội dung Thông tư 33/2014 và các thông tư sửa đổi thành một văn bản thống nhất, áp dụng thực tế hiện nay
Thông tư 33/2021/TT-BTC (17/5/2021)Quy định mức thu, chế độ thu, nộp phí trong hoạt động kiểm dịch và bảo vệ thực vật

Đây là bộ khung pháp lý nền tảng mà doanh nghiệp cần nắm rõ để thực hiện đúng quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu, tránh sai sót về hồ sơ, mẫu biểu khi làm việc với cơ quan chuyên ngành.

3. Cơ quan thực hiện và địa điểm kiểm dịch

Nội dungChi tiết
Cơ quan quản lý chuyên ngànhCục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật (Bộ Nông nghiệp và Môi trường)
Đơn vị tiếp nhận hồ sơ, lấy mẫuChi cục Kiểm dịch thực vật vùng (Vùng I tại Hải Phòng, Vùng II tại TP.HCM và các vùng khác trên cả nước)
Địa điểm kiểm dịchTại cảng, sân bay, cửa khẩu xuất hoặc tại cơ sở sản xuất/kho bảo quản trong nội địa (nếu doanh nghiệp có yêu cầu)
Hình thức nộp hồ sơTrực tuyến qua Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan kiểm dịch gần nhất

4. Hồ sơ đăng ký kiểm dịch thực vật xuất khẩu

Chứng từYêu cầu chi tiết
Giấy đăng ký kiểm dịch thực vật xuất khẩu/tái xuất khẩuTheo mẫu quy định tại Phụ lục IV ban hành kèm Thông tư 33/2014/TT-BNNPTNT
Hợp đồng thương mại, Invoice, Packing ListCung cấp thông tin về khối lượng, chủng loại, quy cách đóng gói lô hàng
Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật của nước xuất khẩu (nếu tái xuất khẩu)Bản điện tử hoặc bản chính, áp dụng khi lô hàng có nguồn gốc từ nước thứ ba
Giấy ủy quyền (nếu forwarder thay mặt doanh nghiệp làm thủ tục)Xác nhận đơn vị được ủy quyền nộp hồ sơ và nhận kết quả

5. Các bước thực hiện quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu

Bước 1: Đăng ký hồ sơ kiểm dịch trực tuyến

Doanh nghiệp truy cập Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc hệ thống của cơ quan kiểm dịch để nộp Giấy đăng ký kiểm dịch thực vật xuất khẩu/tái xuất khẩu kèm hồ sơ liên quan – đây là bước khởi đầu bắt buộc trong quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu. Tải Mẫu giấy đăng ký kiểm dịch thực vật xuất khẩu/tái xuất

Bước 2: Cơ quan kiểm dịch tiếp nhận và kiểm tra tính hợp lệ hồ sơ

Cơ quan kiểm dịch thực vật kiểm tra ngay tính hợp lệ của hồ sơ; nếu chưa đầy đủ, doanh nghiệp sẽ được yêu cầu bổ sung, hoàn thiện trước khi hồ sơ được duyệt và cấp số.

Bước 3: Liên hệ Chi cục Kiểm dịch thực vật vùng để hẹn lịch lấy mẫu

Sau khi hồ sơ trực tuyến được duyệt, doanh nghiệp liên hệ Chi cục Kiểm dịch thực vật vùng phụ trách khu vực xuất khẩu (ví dụ Vùng I tại Hải Phòng, Vùng II tại TP.HCM) để hẹn lịch lấy mẫu tại cảng, sân bay hoặc tại kho riêng nếu xin đưa hàng về bảo quản.

Bước 4: Kiểm tra thực tế và lấy mẫu lô hàng

Cán bộ kiểm dịch kiểm tra sơ bộ về ngoại quan, bao bì đóng gói, sau đó lấy mẫu đại diện của lô hàng để soi tìm sinh vật gây hại như mọt, nấm, côn trùng theo quy định tại Điều 7.

Bước 5: Cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật

Nếu lô hàng đáp ứng yêu cầu kiểm dịch của nước nhập khẩu, cơ quan kiểm dịch cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật (theo mẫu Phụ lục V) hoặc Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật tái xuất khẩu (theo mẫu Phụ lục VI) trong vòng 24 giờ kể từ khi bắt đầu kiểm dịch; trường hợp kéo dài hơn do yêu cầu chuyên môn kỹ thuật, cơ quan sẽ thông báo cụ thể cho doanh nghiệp.

6. Thời gian và chi phí thực hiện kiểm dịch thực vật

Công đoạnThời gian dự kiếnGhi chú
Đăng ký hồ sơ trực tuyến, duyệt và cấp sốVài giờ đến trong ngàyNhanh hơn nếu hồ sơ đầy đủ, chính xác ngay từ đầu
Lấy mẫu và kiểm tra thực tếTrong ngày hoặc sáng hôm sauVới hàng thông thường như rau quả, gạo, kết quả thường có nhanh
Cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vậtTrong vòng 24 giờ (theo quy định)Có thể kéo dài hơn nếu cần thêm phân tích chuyên môn kỹ thuật
Phí, lệ phí kiểm dịch thực vậtTheo Biểu phí tại Thông tư 33/2021/TT-BTCMức phí cụ thể tùy loại vật thể, khối lượng và địa điểm kiểm dịch
Khoản phíCăn cứ tính phíGhi chú
Phí kiểm dịch thực vật xuất khẩu (cấp Giấy chứng nhận KDTV)Theo Mục III Biểu phí ban hành kèm Thông tư 33/2021/TT-BTC, tính theo loại vật thể và khối lượng/số lượng của lô hàngMức thu cụ thể khác nhau theo từng nhóm hàng (nông sản, lâm sản, giống cây trồng); doanh nghiệp nên tra cứu trực tiếp Biểu phí hoặc hỏi Chi cục Kiểm dịch thực vật vùng để có số tiền chính xác cho lô hàng của mình
Phí kiểm dịch với lô hàng giống (cây giống, cành ghép, mắt ghép, hom giống)Tính theo đơn vị cá thể đối với lô hàng lớnÁp dụng cách tính riêng so với hàng nông sản thông thường tính theo trọng lượng
Phí giám sát khử trùng vật thể thuộc diện kiểm dịchBằng 50% mức phí kiểm dịch tương ứng tại Mục III Biểu phíÁp dụng khi lô hàng phải xử lý hun trùng, khử trùng bổ sung trước khi cấp chứng nhận
Trường hợp được miễn phí kiểm dịch thực vậtTheo Điều 5 Thông tư 33/2021/TT-BTCGồm 6 trường hợp: lô giống nghiên cứu khoa học khối lượng nhỏ (≤1kg hạt giống hoặc ≤10 cá thể/chủng loại); sản phẩm thực vật xách tay dùng trong thời gian đi đường; kiểm dịch theo nghi thức ngoại giao; phục vụ sự kiện quốc gia; quà tặng của Nguyên thủ quốc gia; và kiểm dịch thực vật xuất khẩu vào thị trường mới mở
Chi phí dịch vụ hải quan/logistics đi kèm (nếu thuê ngoài)Theo thỏa thuận với đơn vị forwarderKhông thuộc phí nhà nước, là chi phí dịch vụ riêng nếu doanh nghiệp ủy quyền cho bên thứ ba làm thủ tục

Lưu ý về mức phí: Thông tư 33/2021/TT-BTC quy định mức thu cụ thể tại Biểu phí đính kèm (Mục III – Phí kiểm dịch thực vật), phân theo từng nhóm vật thể và khối lượng/số lượng lô hàng nên không có một mức phí cố định áp dụng chung cho mọi mặt hàng. Doanh nghiệp nên đối chiếu trực tiếp Biểu phí ban hành kèm Thông tư hoặc liên hệ Chi cục Kiểm dịch thực vật vùng phụ trách để được báo mức phí chính xác cho lô hàng cụ thể của mình. Đặc biệt, một điểm đáng chú ý là lô hàng xuất khẩu vào thị trường mới mở được miễn hoàn toàn phí kiểm dịch thực vật – đây là chính sách khuyến khích doanh nghiệp mở rộng thị trường xuất khẩu mà nhiều doanh nghiệp chưa nắm rõ.

Lưu ý thực tế: Doanh nghiệp nên đăng ký kiểm dịch sớm ngay khi hàng hóa sẵn sàng đóng gói, thay vì chờ đến sát ngày xuất khẩu, để có đủ thời gian xử lý trong trường hợp mẫu kiểm tra phát hiện vấn đề cần khắc phục (xử lý nhiệt, hun trùng bổ sung). Việc phối hợp chặt với đơn vị logistics và Chi cục Kiểm dịch thực vật vùng giúp rút ngắn đáng kể thời gian chờ đợi trong quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu.

7. Những rủi ro thường gặp trong quy trình kiểm dịch thực vật

Rủi roBiểu hiệnCách phòng ngừa
Phát hiện sinh vật gây hại trong mẫu kiểm traLô hàng bị yêu cầu xử lý bổ sung (hun trùng, xử lý nhiệt) hoặc từ chối cấp chứng nhậnKiểm soát chất lượng nguyên liệu, vệ sinh kho bãi trước khi đóng gói xuất khẩu
Hồ sơ đăng ký thiếu hoặc sai thông tinBị yêu cầu bổ sung, kéo dài thời gian xử lý hồ sơĐối chiếu kỹ thông tin hợp đồng, invoice trước khi khai báo trực tuyến
Đăng ký kiểm dịch quá sát ngày tàu chạyKhông kịp lấy mẫu, cấp chứng nhận trước giờ cắt máng, phải dời lịch xuất hàngĐăng ký sớm ngay khi hàng sẵn sàng, chủ động liên hệ Chi cục để hẹn lịch phù hợp
Nội dung khai báo trên Giấy chứng nhận không khớp yêu cầu nước nhập khẩuHàng bị từ chối thông quan tại cảng đến dù đã có chứng nhậnXác nhận trước yêu cầu khai báo bổ sung riêng của từng thị trường với đối tác nhập khẩu

8. FAQ – Câu hỏi thường gặp về quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu

Câu hỏi 1: Mặt hàng nào bắt buộc phải làm quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu?

Các mặt hàng thuộc danh mục vật thể diện kiểm dịch như nông sản (gạo, chè, cà phê, hạt tiêu, hạt điều, rau củ quả), lâm sản (gỗ tròn, gỗ xẻ, mây tre đan) và giống cây trồng (hạt giống, cây con) đều bắt buộc thực hiện quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu trước khi xuất khẩu.

Câu hỏi 2: Cơ quan nào có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật xuất khẩu?

Chi cục Kiểm dịch thực vật vùng trực thuộc Cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật (Bộ Nông nghiệp và Môi trường) là đơn vị tiếp nhận hồ sơ, lấy mẫu và cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật cho từng lô hàng cụ thể.

Câu hỏi 3: Thời gian cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật mất bao lâu?

Theo quy định, Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật được cấp trong vòng 24 giờ kể từ khi bắt đầu kiểm dịch nếu lô hàng đáp ứng yêu cầu; thực tế với hàng thông thường như rau quả, gạo, kết quả thường có trong ngày hoặc sáng hôm sau.

Câu hỏi 4: Doanh nghiệp có thể xin đưa hàng về kho riêng để kiểm dịch không?

Có. Doanh nghiệp có thể đề nghị cơ quan kiểm dịch thực hiện việc kiểm tra, lấy mẫu tại cơ sở sản xuất hoặc kho bảo quản sâu trong nội địa thay vì tại cảng, cửa khẩu xuất, giúp chủ động hơn về thời gian trong quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu.

3W Logistics hỗ trợ quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu như thế nào?

Là công ty giao nhận vận tải có đăng ký OTI-NVOCC với FMC bond tại Mỹ, sở hữu SCAC Code để tự khai báo AMS/ISF trực tiếp, cùng kinh nghiệm xử lý hàng nông sản, lâm sản xuất khẩu đi đa dạng thị trường, 3W Logistics hỗ trợ doanh nghiệp trọn vẹn quy trình kiểm dịch thực vật xuất khẩu – từ đăng ký hồ sơ, phối hợp lấy mẫu đến khi có Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật đúng thời hạn.

  • Tư vấn xác định mặt hàng thuộc diện kiểm dịch: Hỗ trợ doanh nghiệp đối chiếu danh mục vật thể diện kiểm dịch, chuẩn bị hồ sơ đúng mẫu quy định ngay từ đầu.
  • Book tàu và vận chuyển đồng bộ với tiến độ kiểm dịch: Phối hợp thời gian cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật với lịch tàu, chuyến bay để hàng không bị trễ giờ cắt máng.
  • Khai báo hải quan điện tử (VNACCS): Đội ngũ chuyên nghiệp xử lý tờ khai, đính kèm đầy đủ chứng từ kiểm dịch; với tư cách OTI-NVOCC có FMC và SCAC Code, tự phát hành HBL và tự file AMS/ISF cho lô hàng đi Mỹ.

Vì sao nên chọn 3W Logistics: Với hệ thống văn phòng tại TP.HCM, Hà Nội và Hải Phòng cùng đội ngũ am hiểu quy trình làm việc thực tế với các Chi cục Kiểm dịch thực vật vùng, 3W Logistics đảm bảo lô hàng nông sản, lâm sản hoàn tất kiểm dịch đúng hạn, thông quan đúng chuẩn ngay từ lần xuất khẩu đầu tiên. – Ms. Apple, CCO 3W Logistics

Trụ sở chính – 3W Logistics CN Hồ Chí Minh
Địa chỉ: 34 Bạch Đằng, phường Tân Sơn Hòa, TP.HCM
Hotline: +84 28 3535 0087
____________________________
3W Logistics CN Hà Nội
Địa chỉ: 81A Trần Quốc Toản, phường Cửa Nam, Hà Nội
Hotline: +84 24 3202 0482
____________________________
3W Logistics CN Hải Phòng
Địa chỉ: 8A Lô 28 Lê Hồng Phong, phường Gia Viên, Hải Phòng
Hotline: +84 225 355 5939
____________________________
3W LOGISTICS CO., LTD – We here serve you there!
Email: info@3w-logistics.com
Website: www.3w-logistics.com